Het vfonds onderscheidt twee soorten subsidies: instellings- en projectsubsidies. In de afgelopen jaren is het vfonds overgestapt van instellingsondersteuning naar meer projectmatige financiering.
Organisaties en instellingen die projecten ontwikkelen binnen de doelstellingen van het vfonds kunnen aanvragen indienen. Om snel te achterhalen of een project eventueel voor subsidie in aanmerking komt, is een Quick Scan wenselijk. Een positieve uitkomst van de Quick Scan betekent nog geen zekerheid over toekenning van subsidie; het geeft slechts aan of een project wel of niet past binnen de doelstellingen. Het V-fonds maakt vervolgens inhoudelijke en budgettaire afwegingen.
Het vfonds gaat met een beperkt aantal organisaties een meerjarige relatie aan door middel van een instellingssubsidie. Kenmerk van deze organisaties is dat zij een beleidsbepalende en coördinerende of overkoepelende functie vervullen in werkvelden die bij de doelstellingen van het fonds passen.
Op dit moment is sprake van meerjarenafspraken met de Basis, het Nationaal Comité 4 en 5 mei, de Stichting Herdenking 15 augustus en de BNMO. De financiering is niet a priori gekoppeld aan projecten.